建所至今，上海有机所共获得各种科研成果奖366项，包括国家三大奖75项，其中国家自然科学一等奖3项（合作2项）、二等奖20项（合作1项）；国家创造发明奖3项（合作1项）、国家发明二等奖4项（合作3项）；国家科技进步奖特等奖3项（合作）、一等奖1项（合作）、二等奖12项（合作6项）；中国科学院科技成果奖145项，其中一等奖28项；上海市科技成果奖95项，其中一等奖25项。