2013年，结合上海有机所的学科结构特点的科普课程体系建设提上了日程。十年来，上海有机所科普团队陆续编制了《魅力有机化学》（课程分小学、初中、高中三个课程体系）、《玩转化学》（小学）、《酷米和炫迪的化学工坊》（小学、初中）等系列科普拓展课程。依据中小学生的认知规律和知识范畴特点，编撰了适用不同年龄段的科普教案，创新性地采用理论知识探索和趣味实验体验相结合的方式，以身边的化学问题为切入点，结合研究领域前沿，引导学生认识化学、了解化学、探索化学。课程开发和实施过程注重科学性、多元性和实践性，以期成为学校教学教育的有效补充，拓宽青少年的科技视野，培养青少年的科技创造力。

课程采取“迎进来”与“走出去”相结合的方式进行。上海有机所通过邀请公众或者接受公众预约授课需求在所内进行科普授课，为公众展示一线科研的真实面貌，让公众体会化学的神奇和美妙，同时也对他们可能存在的化学偏见与疑虑进行解惑。同时，也积极走进科普场馆或中小学校，在世外中学、西南位育中学、建襄小学、向阳小学、徐汇第一中心小学等学校进行了系统科普教学，成为了学校教学的有效补充。以2023年为例，累计讲授科普课近200节，课程受众达8000余人。