协助制定研究所学科建设与科技发展规划；负责科研管理和科技成果管理的规章制度的制定和实施；负责分子合成科学卓越中心管理；负责科研经费和科技统计的综合管理；负责科技部、基金委、中科院、上海市及其它地方民口项目的争取和过程管理；负责国家、中科院及上海市重点实验室以及工程中心管理；负责分支机构管理；负责归口分管项目的科研经费预决算和审计工作；负责科研档案工作；负责科研项目绩效分配方案；负责院地合作工作；负责知识产权管理和科技成果转移转化；负责科研团队成果奖励申报工作；负责交叉学科讲座等学术交流工作；负责科普和出版等科学传播相关工作；负责归口对外文字材料、PPT的校勘；所领导交办的其它工作等。 

　　下设成果转移转化中心。 

　　学术委员会办公室挂靠科研管理处。