协助制定重大工程项目相关科技发展规划；负责面向国家重大战略需求工作的规章制度的制定和实施；负责面向国家战略需求的重大项目争取与归口分管项目的全过程管理；负责归口分管项目的科研经费预决算和审计工作；负责研究所保密体系建设和管理；负责组织查处违反保密法律法规的行为和泄密事件；负责研究所质量体系的建设和管理；负责科研生产许可认证和保持工作的组织实施；负责装备承制单位资格认证和保持工作的组织实施；负责归口分管重大科研项目和产品生产过程的质量控制、监督管理及相关质量信息（数据）收集、统计和分析；负责标准化工作管理;负责金山基地建设管理与协调；负责科研生产安全、安全保卫、及安全协调工作；负责园区危废处理；负责归口对外文字材料、PPT的校勘；所领导交办的其它工作等。 

　　下设质量管理办公室，保密办公室和金山基地综合办公室。 

　　安全管理办公室挂靠重大任务处。