孙中山先生在北平主张召开国民会议，以解决国事，并拟设”中央学术院“为全国最高学术研究机关，以立革命之基础。
国民政府中央政治会议议决，设立中央研究院筹备处，并推选蔡元培、李煜瀛、张人杰等为筹备委员，先行筹设理化实业研究所、社会科学研究所、地质研究所及观象台 4 个研究机构。
国立中央研究院理化实业研究所（含物理、化学、工程三组）成立，所址位于上海市霞飞路 899 号。7 月，三组分立，各为研究所，化学组改名为国立中央研究院化学研究所。
庄长恭出任化学研究所所长。
中央人民政府政务院第33次政务会议批准包括有机所在内的中国科学院首批15个研究所（馆）负责人名单，5月20日正式任命庄长恭为有机所所长。中国科学院有机化学研究所由国立中央研究院化学研究所有机化学部门扩建而成，在上海岳阳路320号、长宁路865号开展工作，所属的药物研究室由北平研究院药物所和中央研究院药学所筹备处合并组建，在武康路395号工作。
王葆仁从浙江大学调至有机所，任副所长。
汪猷及其领导的有机化学组从中国科学院生理生化研究所调至有机所。1953 年 1 月，汪猷任副所长。
有机所召开全所大会，讨论决定抗生素和高聚化合物为今后有机所两大主要研究方向。
所属的药物化学研究室进行扩充，建立中国科学院药物研究所。
有机所党支部成立，汤寿樑任党支部书记。
高分子化学组和物理化学组迁往北京参组中国科学院化学研究所，共计迁京人员66人（连家属160余人），仪器药品1214箱，图书200多箱，家具4节火车厢。
黄鸣龙领导的工作组从中国人民解放军军事医学科学院调入有机所。
有机所召开首届学术委员会成立暨工作讨论会。委员共有 8 人，分别是：朱子清、汪猷、邢其毅、吴征铠、高济宇、庄长恭、黄鸣龙、黄耀曾。
党支部书记、副所长边伯明和中科院上海办事处副主任王仲良组织有机所20余名高级研究人员和科研骨干进行有机所业务方向大讨论（即有机所历史上著名的“三天三夜大讨论”）。会议决定有机所的研究要面向国家需求“主要搞尖端、领先的科学项目，通过任务带动学科”。7月14日，召开所务会议，决定重新建立4个研究室：生物资源研究室、抗放射化学研究室、元素有机研究室、分析化学研究室。
为充实有机所科研生产力量，上海市委将医药工业公司所属葡萄糖二厂划给有机所，经改造成为有机所实验厂，主要承担实验室国防项目研究成果扩试任务。
有机所由长宁路865号搬迁至零陵路345号。
黄鸣龙带领科研人员以国产薯蓣皂素为原料合成的“可的松”扩试成功，协助工业部门很快投入了生产。将国外合成路线14步简化为7步，总得率从3%提升到8%。不但填补了我国甾体工业的空白，而且使我国相关合成方法跨进了世界先进行列。
接中科院党组交下的突击任务，有机所正式参与人工合成牛胰岛素的研究工作。我所由汪猷负责，前后共组织140余人奋战。
苏联撤走在华技术专家，并带走了重要图纸资料，停止供应原子能研究所需要的设备和材料。铀同位素扩散分离机上使用的特种氟油将消耗殆尽。研制生产这种氟油是当时制造原子弹最亟待解决的“三大技术难关”之一。
作为当时中科院化学“四大家族”（上海有机所、长春应化所、大连化物所、北京化学所）之一的有机所临危受命，研制和生产特种氟油（定名为“F-111”任务）。经过不懈努力，按时保质保量完成任务，满足国家的急需，为1964年10月16日中国成功地爆炸第一颗原子弹做出重要贡献。钱三强曾赞誉这项工作“让我国原子弹比原计划提前一年爆炸”。
中共中科院上海分院委员会决定成立中共中科院有机所委员会。边伯明任党委书记。
中国科学院化学研究所蒋锡夔领导的氟橡胶课题组调入有机所。
有机所与中国科学院生物化学研究所、北京大学研究人员协作，在世界上第一次用人工方法合成与天然胰岛素分子相同化学结构并具有完整生物活性的蛋白质。为人类认识生命、揭开生命奥秘迈出了一大步，使得中国在人工合成生物大分子这一基础科学领域跃居世界先进行列。
有机所经体制调整归口中国科学院，实行以地方为主的双重领导，更名为中国科学院上海有机化学研究所。
中科院化学部对上海有机所进行学术评议，汪猷提出以天然有机产物、金属与元素有机化合物为主要研究对象，从研究有机合成化学和物理有机化学着手的“二经二纬”发展战略。
生命有机化学国家重点实验室通过专家组的论证。1989 年由国家计委批准并投资建设，1991 年通过专家委员会验收，1992 年正式开放运行。
中科院金属有机化学开放实验室通过专家组的论证，1989年4月获批成立。作为院开放实验室，1991年参加了国家重点实验室评估，被评为全国化学类实验室第二名，在1995、1999年连续两次在国家重点实验室评估中获评“优秀”。在此基础上，2000年金属有机化学国家重点实验室获批筹建，2001年4月通过验收正式成为国家重点实验室。
