中国科学院上海有机化学研究所（简称：上海有机所）是集基础研究、应用研究和高技术创新研究为一体的综合性化学研究机构，创建于1950年5月，是中国科学院首批成立的15个研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化学研究所。从开展抗生素和高分子化学的研究起步，经过70多年几代人艰苦创业、奋力拼搏，在以有机化学研究为中心的基础研究、应用研究与高新技术开发、人才培养等方面均取得令人瞩目的成就。在我国“两弹一星”研制、“人工合成牛胰岛素、人工合成酵母丙氨酸转移核糖核酸”和“物理有机化学中的两个基本问题：自由基化学中取代基离域参数和有机分子簇集概念”等一批攀登科技高峰的重要成果中，我所科研人员作出了重要贡献。
根据中国科学院“四个面向”“四个率先”的办院方针，上海有机所将聚焦分子合成科学前沿，瞄准化学键的选择性断裂和重组等重大科学问题，结合人工智能，实现合成科学理论和方法的新突破；探索基础研究驱动变革性技术的科技创新模式，通过分子合成科学领域的原始创新发展生物医药和战略有机材料创制的核心技术，将上海有机所建设成为具有国际重要影响力的化学研究机构。经中国科学院党组批准，上海有机所现有先进氟氮材料重点实验室、生命过程小分子调控重点实验室和金属有机化学重点实验室等3个全国重点实验室，其中：生命过程小分子调控全国重点实验室已经通过科技部评议。此外，还有中国科学院生物与化学交叉研究中心、沪港化学合成联合实验室。
截至2023年11月，上海有机所先后获国家、中国科学院、上海市等省部级以上各类科技奖363项，包括国家三大奖75项，其中国家自然科学一等奖3项（其中2项为合作）、二等奖20项（其中1项为合作）；国家创造发明奖3项和国家发明二等奖4项（其中3项为合作）；国家科技进步奖特等奖3项（合作），一等奖1项（合作），二等奖12项（其中6项为合作）；获得包括中国科学院自然科学一等奖28项在内的中国科学院各类奖145项；上海市科技成果奖92项。共获授权专利近1200余项，发表学术论文12800余篇。共有在职职工770余人，包括中国科学院院士10人（含外籍）。在学研究生762人。在站博士后110余人。
受中国化学会委托，上海有机所负责编辑出版《有机化学》《化学学报》和《中国化学》（英文版）。
聚焦分子合成科学前沿，瞄准化学键的选择性活化和重组等重大科学问题，结合人工智能变革研究范式，实现合成科学理论和方法的新突破；探索基础研究驱动关键技术的科技创新模式，通过分子合成科学领域的原始创新发展生物医药和战略有机材料创制的核心技术，将有机所建设成为具有国际重要影响力的化学研究机构。
