1934年回国，历任中央大学理学院院长、中央研究院化学研究所所长。不久，当选为中央研究院评议员。引进刚发展起来的有机微量分析技术，从事麦角甾醇、中药化学成份和生物碱研究，卓有成效。抗日战争初期，在北平研究院上海药物研究所坚持研究工作，后去昆明继续从事科研工作。抗战胜利后，再度赴美国与有机化学界科学家进行学术交流。抗战胜利后，再度赴美国进行学术交流和研究。1948年4月1日就任评议会第2届评议员选出的第一届数理组院士。

　　资料来源：中国有机化学研究的先驱者——庄长恭.清华大学化学系，2020-03-12