本设计标识参考了有机所的形象标识“四面体”，围绕有机所“六十周年庆”主题和有机所“有机化学”特色，巧妙地将所标“四面体”、数字“60”与有机分子“萘衍生物”相结合，主题明确，构图简洁。2-乙基萘的平面分子结构恰好构成了数字“60”，形成的四面体标识，三个三角形象征了有机所发展战略所确定的“人口与健康”、“资源与环境”、“新材料”三大重点领域；三角形构成的三角锥型象征了有机所在这三大领域将有所作为，勇攀科学高峰。三个三角形需要设计精准、配合精确、组合精细才能构成一个立体的三角锥型，是有机所长期以来形成的“自强、务实、和谐、创新”优良传统的体现。配色采用准CMYK 配色表中的“蓝色”与“红色”两套色，其中红色是我国普遍应用的传统喜庆色，符合庆祝的用途，反映有机人欢欣鼓舞奋发向上的精神面貌；蓝色又与有机所自身标识的颜色相吻合，象征浩瀚的天空。采用蓝色是所的标志色，象征了有机所在科学的浩瀚宇宙中探索真知，追求真理。