1949年新中国成立后，庄长恭很快被聘为中国科学院的筹备委员。1950年，他被任命为中科院有机化学所第一任所长。建所初期，他广泛延聘人才，调整研究方向，为新中国的有机化学发展创造了条件。“他的很多思想都非常新，一些见解和看法在当时起了重要作用。”戴立信举例说，以二级学科建立有机所就是其一。

　　庄长恭总是紧跟新科学技术的步伐。“当时，对于有机所开拓的高分子和抗菌素两个新领域，他作为所长不断学习，掌握最新科学知识。”于1953年进入有机所的戴立信曾协助庄长恭搜集有关高分子研究的文献，后者的钻研和求真务实的精神给他以很深的印象。

　　此后，有机所高分子组搬往北京，成为中科院化学所的一支主力。庄长恭又被任命为该所筹备委员会主任委员。

　　资料来源：庄长恭：中国化学界的“一面旗帜”.中国科学报，2019-10-25